У нее была сестра-близнец, умершая в младенчестве, да и из прочих детей выжили немногие. Бесси росла в компании двух сестер. Сама она с детства не отличалась крепким здоровьем. В биографических данных есть упоминание, что она страдала от аллергии, особенно летом. Тем удивительнее факт того, что она хотела стать художницей, не побоявшись токсичности красок. Тем не менее, с 1887 по 1893 год Бесси Макникол училась в Школе искусств Глазго под руководством Фра Ньюбери. Среди ее современников были и сестры Макдональд (Маргарет и Фрэнсис), вошедшие в знаменитую «Четверку», группу основателей стиля модерн в Шотландии.