Ещё со времён норманнов, на этом месте всегда высился замок (возможно, первый был норманнского типа из дерева и земли). Впервые название Килкенни, появляется в истории в середине IX века, в связи с постройкой на этом месте замка кланом ОКэррол в 840 году.
В 1391 году замок приобретает 3-й граф Ормонда, Джеймс Батлер. Семья Батлеров становится хозяин Килкенни на долгие 600 лет. В течение двух с половиной столетий жизнь замка протекала относительно спокойно, но всё изменилось в XVII веке, когда замок стал собственностью 1-го герцога Ормонда Джеймса Батлера и его супруги Елизаветы Престон.
Джеймс Батлер был протестантом и и во время Гражданской войны выступил на стороне короля Карла I, став одним из главнокомандующих силами Роялистов. Однако в период с 1642 по 1648 годы, пока его ставка находилась в Дублине, в его владениях в замке Килкенни, разместилась база католической повстанческой организации «Ирландская Конфедерация». В 1649 в Ирландии высаживается армия Оливера Кромвеля, целью которого было подавление ирландских католиков поддержавших вновь провозглашённого в Шотландии короля Карла II. Ирландская кампания Кромвеля развивалась весьма успешно и в 1650 его силы осадили замок Килкенни. В ходе этой осады крепости был нанесён значительный ущерб.
В течении 1650-ых годов Джеймс Батлер находился в изгнании в Европе вместе с королём Карлом II, но после реставрации монархии, он вернулся в Килкенни. Под влиянием увиденной им на континенте европейской архитектуры, Батлер изменяет внешний облик замка в стиле современных особняков.
В начале XVIII века семья Батлер испытывала большие финансовые проблемы, поэтому замку не уделялось достаточного внимания, и он стал постепенно ветшать. В конце столетия 17-ый граф Ормонда Джон Батлер выгодно женился, что позволило ему провести в своём имении реставрационные работы.