12 июня 1607 года царские войска подошли к стенам мятежной Тулы. 30 июня руководство осадой Тулы взял лично царь Василий Шуйский. Положение осаждающих осложнялось тем, что в Стародубе объявился Самозванец, который двинул свои армии на помощь «тульским сидельцам». 10 октября 1607 Тульский кремль был взят Шуйским. При осаде царские войска перегородили плотиной протекавшую через город реку Упу и тем самым вызвали в городе наводнение. Идею такого способа осады подсказал Шуйскому боярин Иван Кравков, у которого Болотников реквизировал большие запасы продовольствия. Восставшие пытались взорвать плотину, но тот же Кравков предупредил Шуйского, и попытка не удалась.
Болотников был сослан в Каргополь, ослеплён и утоплен. Илейка Муромец повешен. Воевода Шаховской насильно пострижен в монахи. По легенде, Василий Шуйский пообещал «не пролить крови» согласившихся сдаться повстанцев. Чтобы формально соблюсти своё обещание, он при устроенных затем расправах над восставшими использовал «бескровный» способ казни через утопление.